杨深秀在被害的六君子中，排名第二，他之前排第一的是康有为之弟康广仁，在他之后的是参预新政的四军机章京。如果按杨在政变前的作为，似乎够不上如此“严惩”。那么，他的“死罪”是什么呢？
梁启超在《戊戌政变记》中提出了一种说法：杨在政变后，上折责问慈禧训政。然而，直到清廷的档案公布之后的一九七○年，始终查不出杨深秀的这份折子。
台湾历史学家黄彰健根据档案中查到的杨的一份《杨深秀请探查窖藏金银处所鸠工掘发以济练兵急需片》的附片，提出了另一种说法。
康有为等定下了调袁世凯军队围颐和园劫慈禧太后的秘密计划。他们鼓动光绪皇帝召袁世凯入京陛见；又派谭嗣同夜访袁世凯，说是光绪帝要他带兵进京围颐和园，以勤王救驾。袁世凯要求有皇帝的手谕，谭答应在袁下次见光绪时给他。于是，康有为让杨深秀上了个折子，内容是圆明园的地下可能会有金窖，请光绪皇帝下令，派工挖掘。而无论古代还是现代，如此重要的工程，是要派军队来干的，即保险，又快捷。
看来，光绪皇帝确实后来给了袁一份手谕，要他派兵来“挖金窖”。而袁就以为这是谭说的让他围颐和园的上谕。于是他回到天津后，告密时讲了康党围颐和园的密谋。慈禧查出了杨深秀的附片，认定是密谋的一部分。于是，杨深秀就成了谋逆的要犯。
其实，黄彰健认为，无论是杨深秀还是光绪自己都不知道有这么个围园劫后的计划。而单凭这个附片，并不足以确定光绪参预这个密谋，所以也不能对外公布，也不能据此确认光绪逆伦而将其废除了。
孔祥吉于1984年著文提出自己的看法。他进一步论证杨不是因为上折反对训政而被害。但也不是因为那个附片，孔认为黄是没看到附片原文，其中没有提到何时、调何人来掘金窖，字面上看不出有调袁世凯军队入京的阴谋。孔认为杨被害与文悌的出卖有关，文悌上折严参康有为，提到杨“竟告奴才以万不敢出口之言”，此“言”按梁启超解释，即欲以武力反对慈禧干政。