中枢包括军机处，总理各国事务衙门及六部。百日维新中，这几个重要机构中的主要官员执行新政情况，分别叙述如下：
     1．军机处的几位大臣：
     礼亲王世铎，对变法新政既不钻研，也不关注，只知作宫、贪财，但不揽权。对光绪帝的新政谕旨采取人云亦云的态度。
     刚毅：典型的守旧派，反对变法新政。
     廖寿恒：支持并拥护光绪帝推行新政。
     王文韶：支持洋务变法。光绪帝任用他，是使其与刚毅抗衡，如、刚毅反对修铁路、开矿等，而王则力主之。因此，王对新政的推行起了一定的作用。
     钱应溥：乙末(1895年)后任此职，多病，性拘谨，对变法态度不明朗。
     裕禄：接近慈禧与荣禄，变法期间无反对新政的言行。
     2．总理各国事务衙门(总署)的几位大臣：
     奕劻：奕訢病故后，受到慈禧重用。胶州湾事件及俄国强租旅大后，光绪帝极思变法图强，通过奕劻向慈禧要权，他在帝、后之间作传话人。变法开始，举凡官员所呈条陈，光绪帝欲推行的新政皆交总署审议具奏，总署与军机处具有同等重要地位。在推行新政方面，他对康有为提出设制度局的建议逐条批驳，但对其它有关文教、农工商、军事等改革奏疏，则尚能予以支持。当守旧派感到新政触动其利益联合表示反对时，奕劻又充当了联络者，并随时向慈禧举报情况及出谋献策，“政变全由庆王布置，最关筋节”。①
     张荫桓：全力支持光绪新政。
     李鸿章：是洋务派中最早提出变法的官僚，由于连年遭受清议，在谤言的压力下，只可闲居贤良寺里，不再过问政事。七月十四日(8月30日)，诏裁詹事府等衙门，又谕令大学士、六部尚书等妥速筹议。李鸿章等奉诏于9月5日上折回奏：查会典所载，詹事府归并翰林院；通政司归并内阁；光禄寺、鸿胪寺归并礼部；太仆寺归并兵部；大理寺归并刑部。并提出“归并之后，事既更张，有同新创”，“应由各该衙门移取职掌文卷，悉心校阅”，根据情况办理。同日，又奏：有关各衙门裁并后，对人员的安置提出建议，“所有裁汰之应升应转各员，应由吏部查明，照例题奏，听候录用。其各项属员亦由吏部酌量分别补用，以免向隅”。①光绪帝看到李鸿章等人的奏折，于9月8日谕内阁：“现在裁撤各衙门，业经分别归并，所有各该衙门裁缺各官，未便听其闲散。现当振兴庶务，规画久远，应于铁路矿务总局、农工商总局酌设大小官员额缺，以备将来量材任使。著总理各国事务王大臣会同吏部妥速详议具奏。”②在裁衙门汰冗员问题上，李鸿章并没有像徐桐等守旧人物那样，或是表示反对，或是置之不理听之任之，而是以大学士身份负起责任。办理具体事物，按章查典，分门别类，该裁则裁，应并则并，颇为谨慎，既执行了皇帝的谕旨，又避免了骚乱。
     军机处和总理衙门在百日维新中共呈折、片39件(参阅《戊戌变法档案史料》)，其中包括荐举新政人才、文武科举改制、筹设文武学堂及游学章程、练新军、办团练、农工商务、开矿筑路、设报馆和译书局等。其中除有两折是反对康有为改革官制的条陈外，对其它方面的新政尚能遵行办理。
     3。六部尚书(满、汉各一人)：
     吏部：徐桐，思想守旧，反对西学。在变法的大形势下也奉谕旨办事，未敢公开表示异议。如9月1日，遵旨上《删定简明则例办理情形折》(见六章四节)；19日上奏《复议广德请将八旗官学改为学堂折》。③对于8月30日上谕裁撤闲散衙门和汰冗员，他表示不能接受和执行。
     吏部：孙家鼎，事见前文。
     户部：敬信，9月1日呈上《删定则例办理情形折》和《请简派堂官专司勘定则例底本折》(附清单)。前一折中他提出以一年时间完成户部则例的修改。按照实际情况，六部中户部是重要的大部，其管理范围较广且繁琐，尤其是经过乙末新政之后，在收税等方面采取了一些新的措施，若改定则例必牵连很多方面，短时间完成任务是有困难的，因此对敬信的请求，光绪帝并未加以指责。后一折是户部要求专派一员大臣勘定则例底本，被光绪帝驳回。对裁衙门汰冗员，敬信也表示反对。
     户部：王文韶，事见前文。
     礼部：怀塔布，6月23日诏停八股，改试策论，他代表礼部草拟新的考试章程，并于附片中提出：清宗室乡试和繙译会试也应当改革。①之后，对其它新政并末表示过异议，至王照上书受阻，光绪帝震怒下将其革职，才开始仇恨新政成为反对派。
     礼部：许应骙，对康有为等维新派一直持敌对态度，反对重用康有为，反对废八股，反对保国会活动，是个典型的守旧派。
     兵部：刚毅，事见前文。
     兵部：徐郙，对新政态度不明朗，百日维新中没有反对新政言行。
     刑部：廖寿恒，事见前文。
     刑部：祟礼，是个恪尽职守的官吏，对变法没有表示过明确态度。
     工部：钱应溥，事见前文。
     工部：凇溎，生平事迹不详。1897年底，康有为上第五书时，他不肯代递。此外，在变法期间，史料无其它记载。
     综如上述：清中枢21位任要职的官员中，如刚毅、许应骙始终反对变法，敌视康有为的究系少数。支持变法、赞成推行新政的也为数有限。余者有人对变法认识模糊，对西学所知有限。余者有人对变法认识模糊，对西学所知有限，只好跟着改革步伐慢慢走，缺乏主动精神。还有一些人习于官场权力角逐，见风转舵，对变法采取灵活手腕，善于观望，随时变化。另一些人思想僵化、麻木，对变法又抱有疑问，于是既不表示支持又不表示反对，抱着漠不关心的姿态。