从档案中可以看到，慈禧太后对光绪帝身边太监的审讯似乎是在训政以后10多天才进行的，对光绪帝的监禁则更晚。因此，以下的叙说，主要是抄录有关档案，以纠正私家著述中没有根据的种种描写。
    (一)八月十五日慈禧太后决定不回颐和园
    八月十三日，也就是六君子就义的那天，慈禧太后决定，将原定十四日返回颐和园，推迟到二十日。
    ……（八月十三日）升平署太监的衣着规定，显示了西苑正加强警卫。……慈禧太后再一次推迟回颐和园的时间，说明她感到还有很多事情需要她亲自来做。八月十四日，慈禧太后决定停止南苑、天津的阅操。……
     (二)八月十九日杖毙太监
    慈禧太后不回颐和园的一个直接结果，就是开始对光绪帝和珍妃两处太监进行整肃。从档案中，我还看不出此一整肃从何日开始，但可以看到一个非常凶惨的结果：……
    ……
    慈禧太后对太监的整肃并没有到此结束，此后继续追究有关太监的连带责任。八月二十日她又下令：……此次的责罚已降到找不到任何过错的内殿总管身上，光绪帝不能给予任何保护。以后光绪帝身边的大小太监们还又有谁敢违背慈禧太后的旨意?光绪帝完全处于慈禧太后的控制下了。
    袁世凯告密之后，清廷恐外人干涉而对有关当事人不审而诛，因此，谭嗣同之密谋仍为隐情。就一般逻辑而言，就慈禧太后的性格而言，她必不会放手。整肃光绪帝、珍纪身边的太监以探隐情，自是顺理成章之事。但慈禧太后放出的整肃手段如此酷烈，肯定是这14名太监的活动触犯了她的根本——政治权力乃至生命，而且，很可能与她此时最痛恨的康有为、张荫桓有关。慈禧太后的整肃，当时在宫中引出了紧张空气。……
    ①尽管诸多私家著述称慈禧太后在政变后对光绪帝身边的太监大换血，但从档案来看，情况并非如此。……其上层未变的主要原因当属他们都是慈禧太后挑选出来的人。
    （三）八月二十三日起光绪帝被软禁
    八月十九日慈禧太后整肃光绪帝、珍妃身边的太监后，她与光绪帝、珍妃的关系也降至冰点。原有的亲情已不复存在，而对光绪帝与珍妃采取直接行动也是必然之事。八月二十三日，内务府奉宸苑《传帖簿》中有一记录：……
    由此可见，八月二十三日在四扇门“钉安门攒钌钉”，并不是简单的活计。二十四日的4座“木板棚房”更是针对光绪帝的。“瀛台桥南”，已在瀛台，“东西朝房以北”还不能确定位置，很可能在涵元殿一带，4座“木板棚房”是一种住下等人的简易房屋。在此建简易房，且要求当日完成，只有一种可能，即为看守光绪帝的人员建值班用房。“闸板栏杆”是为了加强西苑警卫，以防有人潜入。而到了二十五日，负责管理奉宸苑事务的内务府大臣立山奉到的慈禧太后懿旨更为明确，将瀛台涵元殿的楼梯及瀛台所有建筑的门座全部“堵砌”，光绪帝出行的道路只能在其看守的眼下，其活动的空间受到了限制。仁曜门即勤政殿通往瀛台的正门，荷风惠露亭在勤政殿西侧丰泽园以西，两地皆在南海的北岸，“灰土海墁”是指南海此段原来的土堤，此一段土堤改“墁砖甬路”，很可能是为了巡逻的警卫更方便地观察瀛台。由此可以大体断定，八月二十三日起，光绪帝已被软禁。
    此后的两日，瀛台等处的监禁设施继续增加。奉宸苑《记事簿》记：……木板棚已搭建到四扇门，很可能意味着看守已到涵元殿门外。淑清院在勤政殿以东，此时是珍妃的寝宫，其北门堵砌，使之遥望瀛台都不可能，其元光门上门封锁，意味着珍纪也被软禁。日知阁在淑清宫沿岸向南，下有水闸，是三海的出水口，织女桥在今南长街，三海之水由日知阁经此进入天安门前金水桥，于此处清淤泥、安铁篦，仍是防人潜入。
    西苑一下子有如此许多的活计，每日须进许多工匠。为防范工匠于此中生事，又对进出的工匠加强管理。奉宸苑《记事簿》记：……
    （四）九月初四日公布光绪帝病情
    九月初一日，慈禧太后命总管内务府大臣每天带医生为光绪帝看病。……前已叙及，光绪帝本就有病，而八月初十日发出选医入京之诏却是一个政治行为。此次慈禧太后派内务府大臣每日带医为光绪帝请脉，似非为关心光绪帝的身体，而有其政治目的。九月初三日，内务府上报了光绪帝的医案。第二天，内务府奉宸苑《值宿档》中有一记载：
    光绪二十四年九月初四日。由奏事处交出本月初三日皇上脉案一纸。奉懿旨：交各衙门堂官阅看。钦此。
    在专制社会中，皇帝的病况是绝对的秘密，以证天子至圣至明。慈禧太后向京中各衙门堂官公布光绪帝的病情，实际上是--种政治试探。这一天的光绪帝身体状态极差：
    ……这样一份病情报告由慈禧太后下发到六部九卿各大臣，实际上是宣布，光绪帝的身体根本不能担负起乾纲独断的皇帝的责任！
    自八月初六日慈禧太后训政后，各国驻华公使馆非常注意当时的政治走向，尤其是光绪帝本人的生命安全及慈禧太后废帝的可能性。……
    由于英国等国公使的干预，总理衙门被迫同意由一名外国医生给光绪帝看病并出具诊断书。……
    这位法国医生听了胸部，也检验了小便，他的诊断是，光绪帝得了肾病。他开出的医方也很特别，即改变饮食，只喝人乳或牛乳。参照后来光绪帝的医案，此医嘱并未实行。至于光绪帝的遗精病，法国医生认为，是小腹肌肉衰弱所致，不能固精止滑。从今天的医学知识而言，肾病虽很麻烦，也需要多多休息，但并不影响政治决策中的思维能力和判断能力。
    慈禧太后公布光绪帝医案的用心，当时的中外政治家看得十分清楚。其中最有名的是两江总督刘坤一给荣禄的电报，已为各位研究先进所引。我在这里还要指出的是，当时英国、日本等国所施加的压力。在此前后，英、俄、德、日、美、意等国军队开进了北京使馆区，东交民巷与西苑只有很近的距离，慈禧太后在决策时不能不有所顾忌。此中的情节，我拟另撰《日本政府对戊戌变法的观察与反应》叙说，本文不再展开。
    ……
    ……又据宫中《穿戴档》、《起居注册》，光绪帝每天都向慈禧太后请安，陪同见大臣，也时常侍膳、陪看戏；又据军机处《随手登记档》等档册，他依旧做朱批，不过只是例行，不见实际内容。他也亲自参加皇朝的各种仪礼，接见被召见和引见的官员。在慈禧太后的注目下，他空有皇帝的名号，而不再拥有相应的政治权力。
    时间一天天地过去，冬天来了，太液池开始上冻。为了隔断光绪帝与外界的联系，奉宸苑奉到了命令：光绪二十四年十一月十九日，阮总管口传，奉旨：瀛台周围沿边河面，现已冻冰，著奉宸苑刻急派人起紧打开一丈余尺，务见亮水，并由明日起派拨人夫进入镩打，不准冻上。仍由该管官员代进差，毕，退出。钦此。
    从此开始，瀛台岸边每天又多了一群徒劳地与天气相对抗的人们。由于光绪帝从小陪慈禧太后看戏，对此也有心得，其中最爱响器，即锣、鼓、镲、钹之类。据当时的艺人称，其鼓板的尺寸，点子相当讲究。在此烦闷的病中，他也玩一点响器以自我消遣，松懈一下过紧的神经。十二月十一日，升平署总管太监马得安当面奉到慈禧太后懿旨：
    以后传内务府差务等项，先清旨后传。皇上若要响器家伙等，先请旨后传。
    从此光绪帝下达给内务府的旨意，即便是要几件乐器之类的小事，也须经过慈禧太后的批准。
    这一年，光绪帝为27周岁，这样的日子他以后又过了10年。