慈禧太后不回颐和园的一个直接结果，就是开始对光绪帝和珍纪两处太监进行整肃。从档案中，我还看不出此一整肃从何日开始，但可以看到一个非常凶惨的结果：……由此可见，审讯的日期为八月十九日，且由慈禧太后亲自审决。以往负责审理太监的内务府慎刑司，此时已成为一个执行判决的部门。慈禧太后的审讯时间有多长，仅是当天，还是几天?档案中没有说明。但该懿旨中，被审的14名太监中有3名的名字写错，可见当时审讯的仓促。八月二十一日，由总管宋进禄等下发撤消14名太监所食银两的咨会，再度引用此懿旨，可知这14名太监的正确名字及在宫内的地位：……从上引被审讯太监所食银两来看，还不是大太监，大多只能算是普通太监，但有一位除外，即七品官职小太监苑长春，他是光绪帝身边照顾生活的小太监。由于是慈禧太后亲自审讯，一切都打破了常规，内务府慎刑司和刑部都没有审讯记录，我们今天难以查出他们的具体罪名。而上引懿旨中的罪名又过于简略："干预国政"一语，似牵涉政治问题；"搅乱大内"一语，其意是破坏了宫内的等级秩序?生活规则?或违反了宫内的各种规矩?"串通是非"一语，其意更不清楚，是宫内此14人互相串通，结成一党?还是宫内外串通，结交外官?只有"结党"的罪名比较清楚，这些人形成了一个小团体。
     慈禧太后整肃太监的手段是极为罕见的狠毒。4名太监被活活打死，此已违反《大清律》中五刑的规定。按《大清律》，五刑中的杖刑最高数为"杖一百"；可慈禧太后用此酷刑还不解气，第二天又发下懿旨：
     八月二十日，敬事房口传，奉懿旨：昨日交出板责处死太监四名，不必买棺盛硷，即著抛入万人坑。饮此。②
     另10名太监分别被板责100板或200板，已是血肉横飞，慈禧太后还分别给予"永远枷号"、"枷号二年"的刑罚。……
     慈禧太后对太监的整肃并没有到此结束，此后继续追究有关太监的连带责任。八月二十日她又下令：……此次的责罚已降到找不到任何过错的内殿总管身上，光绪帝不能给予任何保护。以后光绪帝身边的大小太监们还又有谁敢违背慈禧太后的旨意?光绪帝完全处于慈禧太后的控制下了。
     袁世凯告密之后，清廷恐外人干涉而对有关当事人不审而诛，因此，谭嗣同之密谋仍为隐情。就一般逻辑而言，就慈禧太后的性格而言，她必不会放手。整肃光绪帝、珍纪身边的太监以探隐情，自是顺理成章之事。但慈禧太后放出的整肃手段如此酷烈，肯定是这14名太监的活动触犯了她的根本--政治权力乃至生命，而且，很可能与她此时最痛恨的康有为、张荫桓有关。慈禧太后的整肃，当时在宫中引出了紧张空气。……
     ①尽管诸多私家著述称慈禧太后在政变后对光绪帝身边的太监大换血，但从档案来看，情况并非如此。……其上层未变的主要原因当属他们都是慈禧太后挑选出来的人。