八月十九日慈禧太后整肃光绪帝、珍妃身边的太监后，她与光绪帝、珍妃的关系也降至冰点。原有的亲情已不复存在，而对光绪帝与珍妃采取直接行动也是必然之事。八月二十三日，内务府奉宸苑《传帖簿》中有一记录：……
     由此可见，八月二十三日在四扇门"钉安门攒钌钉"，并不是简单的活计。二十四日的4座"木板棚房"更是针对光绪帝的。"瀛台桥南"，已在瀛台，"东西朝房以北"还不能确定位置，很可能在涵元殿一带，4座"木板棚房"是一种住下等人的简易房屋。在此建简易房，且要求当日完成，只有一种可能，即为看守光绪帝的人员建值班用房。"闸板栏杆"是为了加强西苑警卫，以防有人潜入。而到了二十五日，负责管理奉宸苑事务的内务府大臣立山奉到的慈禧太后懿旨更为明确，将瀛台涵元殿的楼梯及瀛台所有建筑的门座全部"堵砌"，光绪帝出行的道路只能在其看守的眼下，其活动的空间受到了限制。仁曜门即勤政殿通往瀛台的正门，荷风惠露亭在勤政殿西侧丰泽园以西，两地皆在南海的北岸，"灰土海墁"是指南海此段原来的土堤，此一段土堤改"墁砖甬路"，很可能是为了巡逻的警卫更方便地观察瀛台。由此可以大体断定，八月二十三日起，光绪帝已被软禁。
     此后的两日，瀛台等处的监禁设施继续增加。奉宸苑《记事簿》记：……木板棚已搭建到四扇门，很可能意味着看守已到涵元殿门外。淑清院在勤政殿以东，此时是珍妃的寝宫，其北门堵砌，使之遥望瀛台都不可能，其元光门上门封锁，意味着珍纪也被软禁。日知阁在淑清宫沿岸向南，下有水闸，是三海的出水口，织女桥在今南长街，三海之水由日知阁经此进入天安门前金水桥，于此处清淤泥、安铁篦，仍是防人潜入。
     西苑一下子有如此许多的活计，每日须进许多工匠。为防范工匠于此中生事，又对进出的工匠加强管理。奉宸苑《记事簿》记：……